Projet DESIMIK

Durée

AAP interne SFR QUASAV 2025-2026

Objectifs

Alternaria brassicicola est un champignon nécrotrophe responsable de la tache noire des Brassicaceae (colza, radis, chou, etc.). La lutte contre ce pathogène est donc essentielle pour protéger ces cultures, et est couramment médiée par l’utilisation de fongicides. Cependant, face aux impacts environnementaux et sanitaires des pesticides chimiques, accentués par le changement climatique, des alternatives durables sont devenues une priorité. L’Union européenne vise ainsi à réduire de 50 % leur usage d’ici 2030. Les alternatives envisagées sont des solutions de biocontrôle, qui utilisent des organismes vivants ou leurs molécules pour réduire les attaques (ou l’impact) des pathogènes. Dans ce cadre, les équipes FungiSem et EmerSys (IRHS Angers) ont identifié que la bactérie Pseudomonas lactucae est capable d’inhiber A. brassicicola in vitro et in planta après co-inoculation sur graines de radis et colza.

Le projet DESIMIK(Development of DESI-HRMS technology for Microbial Interaction Knowledge) vise à caractériser l’interaction moléculaire bactérie-champignon via une technique d’imagerie par spectrométrie de masse : la DESI-HRMS (Desorption ElectroSpray Ionization - High Resolution Mass Spectrometry), actuellement en développement au laboratoire SONAS.

Dans la technique d’imagerie DESI-HRMS, un flux de solvant ionisé va désorber les analytes directement à la surface d’un échantillon délivrant des ions moléculaires qui sont alors dirigés dans le spectromètre de masse. La surface de l’échantillon, qui peut être de différents types (coupe de plantes, de fruits, de tissus, téflon imprégné, surface de gélose dans le cadre du projet DESIMIK, etc.), est donc balayée par ce flux de solvant permettant d’établir une cartographie de répartition de chaque ion en fonction de leur intensité sur la surface étudiée.